Penerapan utama bioinformatika

Basis data sekuens biologis

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(en) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

Penyejajaran sekuens

Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda “–”) sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, “ccatcaac” dan “caatgggcaac” (tanda “-” menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens).

Sejarah

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.

Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui internet memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam basis data tersebut maupun memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Sedangkan komputasi paralel adalah salah satu teknik untuk melakukan komputasi secara bersamaan dengan memanfaatkan beberapa komputer secara bersamaan. Biasanya diperlukan saat kapasitas yang diperlukan sangat besar, baik karena harus mengolah data dalam jumlah besar ataupun karena tuntutan proses komputasi yang banyak. Untuk melakukan aneka jenis komputasi paralel ini diperlukan infrastruktur mesin paralel yang terdiri dari banyak komputer yang dihubungkan dengan jaringan dan mampu bekerja secara paralel untuk menyelesaikan satu masalah. Untuk itu diperlukan aneka perangkat lunak pendukung yang biasa disebut sebagai middleware yang berperan untuk mengatur distribusi pekerjaan antar node dalam satu mesin paralel. Selanjutnya pemakai harus membuat pemrograman paralel untuk merealisasikan komputasi.

Parallel processing berbeda dengan multitasking, yaitu satu CPU mengeksekusi beberapa program sekaligus. Parallel processing disebut juga parallel computing. Pada sistem komputasi parallel terdiri dari beberapa unit prosesor dan beberapa unit memori. Ada dua teknik yang berbeda untuk mengakses data di unit memori, yaitu shared memory address dan message passing. Berdasarkan cara mengorganisasikan memori ini komputer paralel dibedakan menjadi shared memory parallel machine dan distributed memory parallel machine.

Prosesor dan memori ini didalam mesin paralel dapat dihubungkan (interkoneksi) secara statis maupun dinamis. Interkoneksi statis umumnya digunakan oleh distributed memory system (sistem memori terdistribusi). Sambungan langsung peer to peer digunakan untuk menghubungkan semua prosesor. Interkoneksi dinamis umumnya menggunakan switch untuk menghubungkan antar prosesor dan memori.

Komunikasi data pada sistem paralel memori terdistribusi, memerlukan alat bantu komunikasi. Alat bantu yang sering digunakan oleh sistem seperti PC Jaringan pada saat ini adalah standar MPI (Message Passing Interface) atau standar PVM (Parallel Virtual Machine)yang keduanya bekerja diatas TCP/IP communication layer. Kedua standar ini memerlukan fungsi remote access agar dapat menjalankan program pada masing-masing unit prosesor.

Sekalipun didukung oleh teknologi prosesor yang berkembang sangat pesat, komputer sekuensial tetap akan mengalami keterbatasan dalam hal kecepatan pemrosesannya. Hal ini menyebabkan lahirnya konsep keparalelan (parallelism) untuk menangani masalah dan aplikasi yang membutuhkan kecepatan pemrosesan yang sangat tinggi, seperti misalnya prakiraan cuaca, simulasi pada reaksi kimia, perhitungan aerodinamika dan lain-lain.

Konsep keparalelan itu sendiri dapat ditinjau dari aspek design mesin paralel, perkembangan bahasa pemrograman paralel atau dari aspek pembangunan dan analisis algoritma paralel. Algoritma paralel itu sendiri lebih banyak difokuskan kepada algoritma untuk menyelesaikan masalah numerik, karena masalah numerik merupakan salah satu masalah yang memerlukan kecepatan komputasi yang sangat tinggi.

Komputasi dapat diartikan sebagai suatu cara untuk memecahkan suatu permasalahan dari data input pada algoritma. Dalam ilmu komputasi, secara umum merupakan gudang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numeric serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah – masalah ilmu (sains). Komputasi modern biasanya digunakan untuk memecahkan masalah yang ada, perhitungan komputasi modern diantaranya :

• Akurasi (bit, floating point)
• Kecepatan (dalam satuanHz)
• Problem volume besar (paralel)
• Modeling (NN dan GA)
• Kompleksitas (menggunakan Teori Bog O)

Dalam komputasi modern tokoh yang paling berpengaruh terhadap perkembangan ilmu komputer dan komputasi modern adalah John Von Neumann. John Von Neumann merupakan salah satu ahli matematika terbesar abad ini. Beliaulah yang pertama kali menggagas konsep sebuah system yang menerima instruksi-instruksi dan menyimpannya dalam sebuah memori.  Konsep inilah yang menjadi dasar arsitektur komputer hingga saat ini. Beliau juga seorang ilmuan yang sangat berpengaruh dalam pembuatan bom atom di Los Alamos pada Perang Dunia II lalu.

Sebagai anak yang terlahir genius, Von Neumann memiliki minat yang besar di berbagai bidang terutama matematika. Dia selalu menjadi yang terbaik pada semua bidang tersebut di sekolahnya. Dia tidak hanya tertarik pada matematika dan logika, namun juga pada sejarah. Pada umur delapan tahun dia sudah mambaca 40 volume sejarah dunia dari buku-buku di perpustakaan keluarganya.

Pada tahun 1921, Von Neumann disekolahkan ayahnya ke Universitas Berlin untuk menjadi insinyur teknik kimia. Berselang dua tahun kemudian ia melanjutkan pendidikan ke Zurich. Sebenarnya Von Neumann kurang tertarik dengan bidang kimia atau bidang engineering, namun ayahnya mendorong dia untuk mempelajari kimia. Pada waktu itu teknik kimia sedang populer dan menjanjikan karier yang cerah bagi para insinyurnya. Oleh karena itu, ayahnya mengharuskan Von Neumann mengikuti pendidikan kimia tanpa gelar selama dua tahun di Berlin, lalu melanjutkan di Eidgennossische Technische Hochschule (ETH) Zurich pada bidang yang sama. Ujian masuk ETH terkenal sulit, bahkan Albert Einstein pernah gagal dalam ujian masuk di tahun 1895 dan berhasil lulus pada ujian tahun berikutnya.

Keinginan Von Neumann untuk mempelajari matematika dilakukannya pada musim panas setelah studinya di Berlin dan sebelum masuk ETH Zurich. Dia menjadi mahasiswa program doktor pada Universitas Budapest. Tesis doktornya bertemakan aksiomasisai teori himpunan (set theory) yang dikembangkan George Cantor. Pada masa itu, set theory merupakan salah satu topik ‘menantang’ di dunia matematika.

Akhirnya pada tahun 1926, dia lulus dengan dua gelar yaitu gelar S1 pada bidang teknik kimia dari ETH dan gelar doktor (Ph.D) pada bidang matematika dari Universitas Budapest. Semua itu diraihnya pada usia 22 tahun.

Sumber :

http://id.wikipedia.org/wiki/Komputasi

http://phenomenalsite.co.cc/?p=46

http://my.opera.com/aviciena/blog/show.dml/8170711

BCD ini hampir sama dengan SNB. BCD merupakan suatu cara untuk berbisnis secara online dengan menggunakan bagian / content yang ada di dalam suatu website. Biasanya web yang sering dikunjungi dan dilihat banyak orang akan menjadi peluang bisnis yang sangat besar. Agar bisa menarik perhatian banyak orang yang iklan/ content yang dibuat maka harus memahami beberapa hal :

1.       Harus bisa menempatkan rangkaian kata yang mudah di akses oleh user ketika menggunakan search engine.

2.       Memiliki situs yang direkomendasikan oleh rekan kerja, teman atau seseorang yang di kenal oleh user, misalnya dalam facebook.

3.       Membuat link di situs lain yang langsung mengarahkan user kedalam website mereka.

Salah satu kesalahan yang bisa merugikan pihak pebisnis salah satunya tidak mengupdate dan mengubah isi web mereka. Karena user menginginkan info yang up to date. Persaingan bisnis dalam kategori online semakin banyak. Maka para pebisnis harus memiliki cara untuk bertahan dalam bisnisnya.

Sumber :

http://ezinearticles.com/?Web-Content-Development-Is-Essential-In-Any-Business&id=5071700
http://www.oliveglobal.com/content-development.html

Menurut sumber yang saya baca SNB disini merupakan bisnis yang dibangun dengan memanfaatkan situs layanan social sebagai pendukung / medianya. Banyak situs – situs social yang bisa dijadikan sebagai media / wadahnya, seperti Facebook, Friendster, Twitter dan lain – lain. Alasan mengapa situs – situs social ini bisa dijadikan wadah karena situs – situs social ini sering dikunjungi oleh user hampir diseluruh bagian dunia.

Didalam kehidupan sehari – hari banyak orang yang melakukan bisnis dengan memanfaatkan layanan jaringan social. Produk yang dijual pun beraneka macam. Dalam hal ini pendiri harus memikirkan cara bagaimana menarik user untuk membeli produk mereka. Biasanya mereka melakukan beberapa metode, misalnya :

1.      Membuat iklan : contohnya dalam facebook, banyak iklan-iklan yang sering muncul saat kita mengakses facebook.

2.      Untuk metode lain biasanya menandai foto produk mereka kedalam account user. Didalam foto tersebut biasanya terdapat keterangan mengenai produk itu sendiri.

Kelebihan SNB :

1.      Customer bisa mengetahui informasi mengenai produk yang diinginkan secara detail

2.      Cutomer juga bisa memberikan komentar mengenai produk yang bersangkutan

Kekurangan SNB :

1.      Customer tidak bisa melihat bagaimana kualitas dari produk secara detail, karna produk dipasarkan dalam bentuk gambar/ foto.

2.      Kadang ketika produk sudah sampai pada customer ternyata tidak sama seperti didalam gambar/ foto. Missal warnanya agak pudar.

Sumber :

http://howtostartasocialnetwork.com/2009/11/16/social-network-business-plans-what-makes-them-different/

http://en.wikipedia.org/wiki/Business_networking

1. HRD ( 20 HOST )

1. FINANCIAL ( 15 HOST )

1. IT ( 12 HOST )

1. MARKETING (25 HOST)

SII (Strategy of Information Integration) jika diartikan kedalam bahasa Indonesia menjadi Strategi Integrasi Informasi. Sebenarnya apa itu SII. Untuk mengetahui apa itu SII alangkah baiknya kita juga tahu arti dari masing-masing kata. Strategi bisa diartikan juga sebagai taktik/ cara yang disusun sedemikian rupa dalam jangka waktu dan untuk tujuan tertentu. Integrasi disini bisa diartikan sebagai sebuah proses dari suatu hal. Sedangkan informasi merupakan data yang telah di olah menjadi sesuatu yang memiliki nilai, dan dapat bermanfaat bagi pengguna. Jika kita lihat berdasarkan masing-masing artinya, kita bisa menarik kesimpulan bahwa Strategi Integrasi Informasi disini merupakan sebuah cara/ taktik/ usaha untuk menyusun suatu rencana/ hal yang disesuaikan dengan informasi yang ada.

Didalam dunia kerja/ bisnis pasti mereka (perusahaan) memiliki strategi untuk menghasilkan laba dan untuk memasarkan produk yang mereka produksi. Mungkin tidak hanya sebatas memasarkan dan menghasilkan produk, tetapi mereka harus menyusun strategi agar masyarakat dapat tertarik untuk menggunakan produk yang mereka hasilkan. Untuk menyusun strategi tersebut tentunya mereka memerlukan informasi yang berkaitan dengan tujuan yang ingin mereka capai. Karena alasan itulah mengapa strategi selalu disesuaikan dengan informasi yang ada. Ada beberapa cara untuk melakukan strategi informasi, misalkan :

1.       Dibutuhkan rencana yang matang

2.       Dibutuhkan adanya design dari data yang ingin dibuat

3.       Dibutuhkan juga pemeliharaan data, agar data dapat terjaga dengan baik

4.       Pengoperasian/ menjalankan rencana yang telah disusun dengan strategi yang telah dibuat.

Jawab :  B

2. Nama lain untuk Statistical Time Division Multiplexing (TDM) adalah :
a. Non-Intelligent TDM c. Asynchromous TDM
b. Synchronous TDM d. Semua jawaban benar

Jawab :  B

3. Hubungan laju transmisi data dengan lebar pita saluran transmisi adalah :
a. Laju transmisi naik jika lebar pita berkuran.
b. Laju transmisi naik jika lebar pita bertambah.
c. Laju transmisi tidak bergantung pada lebar pita.
d. Semua jawaban salah.

Jawab :  D

4. Teknik encoding Bipolar-AMI dan Pseudoternary termasuk dalam teknik :
a. Multilevel Binary c. Biphase
b. NRZ d. Manchester

Jawab : A

]]> http://rikky13.wordpress.com/2010/12/09/test-akhir-2-v-class-jaringan-komputer-lanjut/feed/ 0 rikky13 http://rikky13.wordpress.com/2010/11/30/jaringan-optik-sinkron/ http://rikky13.wordpress.com/2010/11/30/jaringan-optik-sinkron/#comments Tue, 30 Nov 2010 16:29:36 +0000 rikky13 http://rikky13.wordpress.com/?p=208 ]]> Komunikasi Broadband

Broadband atau dalam bahasa Indonesia merupakan koneksi internet/transmisi data kecepatan tinggi. Broadband biasanya menggunakan DSL, Modem Kabel, Ethernet, Wireless Access, Fiber Optik, W-LAN, V-SAT, dsb. Kecepatan layanan broadband bervariasi dari 128 Kbps s/d 100 Mbps.

SONET (Synchronous Optical Network)

SONET (Synchronous Optical Network) adalah teknologi lapisan jaringan fisik yang dirancang untuk membawa volume besar dari lalu lintas yang relatif lebih lama pada kabel fiber optik. SONET awalnya dirancang oleh American National Standards Institute (ANSI) untuk jaringan telepon umum di Amerika Serikat pertengahan 1980-an.

SONET umumnya memancarkan data dengan kecepatan antara 155 megabit per detik (Mbps) dan 2,5 gigabits per detik (Gbps). Keuntungan SONET adalah dapat memberikan fungsionalitas yang bagus baik pada jaringan kecil, medium, maupun besar.

ATM (Asynchronous Transfer Mode)

ATM didefinisikan sebagai sebuah standard antarmuka dari kumpulan switch yang ditetapkan oleh International and Telephone Consultive Committee (CCITT, yang sekarang disebut ITU). Standard ini memberikan keuntungan, antara lain :

• Tampilan lebih dispesifikasikan daripada arsitektur internal atau seluk beluk pelaksanaannya.
• Standard yang sama dapat digunakan untuk LAN dan WAN.

Pada ATM, informasi dikirim dalam blok data dengan panjang tetap yang disebut sel. Sel merupakan unit dari switching dan transmisi.

ATM menyalurkan informasi dengan menggabungkan prinsip dari dua teknologi pendahulunya, yaitu cara sinkron yang berbasis kanal dan cara tak sinkron dengan panjang paket tidak tetap. Dalam ATM menggunakan panjang paket yang tetap yaitu 53 byte, dimana 48 byte digunakan sebagai byte informasi dan 5 byte sebagai header. Dalam paket yang disebut sel inilah berbagai jenis informasi itu ditampung dan di transmisikan.

DSL (Digital Subscriber Line)

DSL (Digital Subscriber Line) merupakan teknologi akses Internet menggunakan kabel tembaga, sering disebut juga sebagai teknologi suntikan yang membantu kabel telepon biasa dalam menghantarkan data dalam jumlah besar. DSL sendiri dapat tersedia berkat adanya sebuah perangkat yang disebut DSLAM (DSL Access Multiplexter). Gambar dibawah ini merupakan contoh modem DSL.

Sumber :
http://en.wikipedia.org/wiki/Broadband

http://en.wikipedia.org/wiki/SONET

http://www.scribd.com/doc/12729861/40/Asynchronous-Transfer-Mode-ATM

http://id.wikipedia.org/wiki/DSL

Proses Yang terdapat dalam CIM ini biasanya mengenai :

• Perencanaan pasokan untuk informasi yang dibutuhkan dimasa depan
• Meningkatkan kualitas dari sumber informasi yang tersedia
• Menghilangkan Informasi yang berlebihan
• DLL

SIM (Sistem Informasi Management)

Hal yang paling dibutuhkan dalam Sistem Informasi Management ini biasanya mengenai klasifikasi alur informasi itu sendiri. Sistem Informasi Management ini tidak harus selalu menggunakan komputer, tapi bagaimana cara kita mengubah proses yang berlangsung kedalam system komputer. Karena alasan itulah muncul istilah Sistem Informasi berbasis komputer.